Più in generale, stiamo parlano di biologia. È ovvio che l'espressione genica nei maschi XX è alterata rispetto alle femmine XX (altrimenti sarebbe magia) il punto è che non è necessario avere un cromosoma Y o il gene SRY per essere maschi.
Tanto che molti maschi XX non sanno di avere due cromosomi X.
Non è possibile ricostruire il fenotipo di un organismo a partire dal genotipo. Lo stesso fenotipo può esser prodotto da genotipi diversissimi e viceversa: lo stesso genotipo può produrre morfologie e comportamenti completamente diversi (bruco-farfalla) incluso sessi opposti (come in alcuni rettili, in cui il sesso è determinato dalla temperatura).
La domanda è troppo generica. Nel caso specifico della sessualità, quel non-ristrettissimo numero di persone, assieme ad altri esempi biologici, ci fa capire che l'identità sessuale non può essere stabilita con certezza a partire dal genotipo di un individuo.
È un caso come un altro in biologia. Ci sono condizioni normali e poi condizioni alterate. Per riconoscere le condizioni alterate, devi conoscere le normali. Perché - è sarò brusco - in gravidanza ad esempio ti avvertono se il feto ha una trisomia 21, non è che ti dicono "tranquilla va tutto bene".
il fenotipo è espressione del genotipo. Se il genotipo ha alterazioni minime, può essere che il fenotipo non abbia alterazioni apprezzabili.
Questo però è tutto un altro messaggio rispetto a "non esiste differenza tra XX e XY" o "ognuno può dire di essere mucca o cammello anche se non ha quei geni".
Piuttosto, se le nomenclature usuali di maschio/femmina danno noia, sarebbe meglio applicare una nomenclatura diversa, come appunto il genotipo. Questo serve anche per fini statistici, nonché per alcune reazioni a farmaci o incidenza di malattie che sono diverse tra maschio e femmina e che sarebbe bene conservare come dato medico.
Per cui nella carta di identità potrebbero comparire due voci:
Genere, in cui ognuno scrive quello che vuole, pure unicorno;
Genotipo: in cui si indica XX o XY o altro se noto da analisi genetiche.
Poi ovviamente rimarrebbero tutti i problemi strettamente pratici, come la divisione negli sport, le toilette, le quote rosa, ecc