Puerto Rico può essere giocato sia con una variante per due, scaricabile dal sito dell'Alea, dove ad ogni turno ciascun giocatore attiva due ruoli, sia con una variante non ufficiale, ma abbastanza diffusa, di gestire due isole a testa. Questa seconda variante, che è perfettamente attinente alla tua richiesta, prevede che ciascun giocatore gestisce le due posizioni "contrapposte" di un tavolo a 4 (N-S un giocatore e W-E l'altro) ed alla fine si conteggia SOLO il punteggio dell'isola minore.
Il recente Dominant species (ufficiale, presente nel regolamento) prevede una variante a due in cui si gestiscono tre specie a testa, come in un tavolo a sei (anche se questa non l'ho mai provata perchè mi sembra alquanto caotica)